Des organes spécifiques sont prévus pour l’exécution et le développement de la CIIS. Leurs fonctions et responsabilités sont décrites plus en détail dans la convention et dans le règlement d’organisation.

L’organe suprême est la Conférence de la convention (CC) CIIS, à laquelle appartiennent les responsables des services sociaux cantonaux. Le Comité CC CIIS remplit des tâches politiques et stratégiques et il est compétent pour toutes les décisions qui ne relèvent pas de la compétence d’un autre organe. L’Assemblée plénière, le Comité CDAS et le contrôle cantonal des finances qui est chargé de vérifier les comptes de la CDAS exécutent les tâches des organes correspondants conformément à la CIIS.

La Conférence suisse des offices de liaison CIIS (CSOL CIIS) et les quatre conférences régionales (CR) constituent les organes techniques de la CIIS. L’une des tâches permanentes de la CSOL CIIS est d’examiner les demandes qui lui sont soumises pour le développement du règlement CIIS et, le cas échéant, de soumettre une proposition au Comité CDAS. Elle répond également aux questions des milieux professionnels (réponse de la CSOL CIIS aux questions fréquemment posées - FAQ) dans le cadre de la mise en œuvre de la CIIS et favorise l’échange intercantonal d’expérience.

Chaque canton désigne au moins un office de liaison cantonal. Les offices de liaison sont les interlocuteurs des autres cantons signataires, des institutions sociales et de la CDAS. En tant qu’autorités cantonales chargées des activités opérationnelles, ils traitent les demandes de garanties de prise en charge des frais. Ils sont responsables de la mise à jour immédiate de la base de données CIIS quant aux mutations concernant les institutions soumises à la CIIS dans leur canton.